Clinic, diagnosticul de shigelloză poate fi stabilit doar în cazurile unei variante colitice tipice a bolii. Pentru clarificarea diagnosticului în cazurile neconfirmate prin teste de laborator, se efectuează o rectoscopie, care în toate cazurile de shigelloză relevă un tablou de colită (catarală, hemoragică sau eroziv-ulcerativă) cu afectarea membranei mucoase a colonului distal, adesea sfinterită.