Alloimmune sau isoimmune, neutropenia nou-născuților apare la făt datorită incompatibilității antigenice a neutrofilelor fătului și mamei. Izoantibodiesle mamei aparțin clasei IgG, pătrund în bariera placentară și distrug neutrofilele copilului. Isoantibodies sunt, de obicei leukoagglutinins, ele reactioneaza cu celulele pacientului si a tatalui sau, nu reactioneaza cu celulele mamei.