Determinarea agentului cauzal este crucială pentru confirmarea diagnosticului de pneumocistoză. Materialul de bază pentru studiu - spută, secreții bronșice, spalari obținute prin spălarea lavaj bronhii sau bronhoalveolar, secțiuni de țesut pulmonar luate de transbronchial, percutană sau biopsie deschisă. Cel mai adesea, datorită stării severe a pacientului, aceste manipulări nu se efectuează pentru a evita complicațiile.