Agentul cauzator al encefalitei virale transmise de căpușe aparține genului flavivirusurilor. Virionul este sferic, cu diametrul de 40-50 nm, conține ARN și se reproduce bine în multe culturi de țesuturi. Dintre animalele de laborator, șoarecii albi, hamsterii, maimuțele și șobolanii de bumbac sunt cei mai sensibili la virus. Multe animale domestice sunt, de asemenea, susceptibile la virusul encefalitei transmise de căpușe.