Agentul cauzal al encefalitei virgine suportate de căpușe aparține genului Flaviviruses. Virionul are o formă sferică, un diametru de 40-50 nm, conține ARN, reproduce bine în multe culturi de țesuturi. Din animalele de laborator, șoarecii albi, hamsterii, maimuțele, șobolanii de bumbac sunt cei mai sensibili la virus. Sensibile la virusul encefalitei cauzate de căpușe și la multe animale domestice.